2003 yılında bulunanlar ışığında Kerkenes'in tarihsel geçmişini yeniden değerlendirmenin zamanı gelmiştir. Arkeolojik kanıtların tarihsel yeniden kurmalarla birleştirilmesi uçurumlarla dolu bir süreçtir; temel tarihî kaynağın Herodot olduğu bu örnekte sorun daha da ciddileşmektedir. Kesin kanıt bulunmamakla birlikte, Kerkenes'in Pteria olarak tanımlanmasını şüphe ile değerlendirmek için bir gerekçe yoktur. Bu tanım kabul edilecek olursa, şehrin tamamen yok edilişi, modern bilim adamlarının "Pteria Savaşı" olarak adlandırdığı ve Heredot'un anlattığı üzere Krezüs ile Büyük Keyhüsrev'in yenişemediği olay sonucunda Lidya Kralı Krezüs tarafından gerçekleştirilmiştir. Kerkenes'in yok edilişinin tarihi, 1996 yılında bulunan fildişi levha ile kazı sonucu elde edilen diğer objelerin sağladığı stilistik kanıtlar göz önüne alındığında, Lidya başkenti Sardis'in geleneksel olarak M.Ö. 547 yılına tarihlendirilen düşüşünden çok daha önce olmamalıdır. Kerkenes'in kuruluş tarihini belirlemek ve şehri kuran gücü tanımlamak ise daha güç görünmektedir.

Ortaya çıkarılan yeni yazılı ve arkeolojik kanıtların ışığında, daha önceki yorumların yeniden değerlendirilmesi ya da tamamen unutulması gerekmektedir. Yine de, ilk fikirleri gözden geçirerek oluşmalarına neden olan etmenleri incelemek bu aşamada bize yardımcı olabilir. Bu bağlamda, bugüne dek tamamen yüzey kalıntıları ile 1993-1999 yılları arasında Kerkenes'de yürütülen Uzaktan Algılama yöntemleriyle Yüzey Araştırmasının sonuçlarının incelenmesine dayalı yorumlamalarda izlenen eksiklik ve hataları kazı çalışmalarının kolayca ortaya çıkardığını belirtmek yerinde olur. Belki de Eski Yakın Doğu'da ve özellikle Anadolu'da Demir Çağı şehir surlarında taş altyapı üzerinde kerpiç kullanımıyla ilgili önyargılardan kaynaklanan, gözlem ve yüzey araştırması verilerini doğru biçimde anlayamama sorunu, bu tür yorumların geniş çaplı kazılarla kanıtlanması gerektiğini göstermektedir. Farklı yüzey araştırması yöntemlerinin bir araya gelmesi ile elde edilen kanıtların incelenmesi şehrin ömrünün bugün göründüğünden daha kısa süreli olduğunu düşündürmektedir. Bu yorum iki temel görüşe dayanmaktaydı: Tamamı yüzeyde izlenebilen 7 km uzunluğundaki taş surlar, kerpiç üst yapısı hiç bir zaman bitirilmemiş olan bir sistemin alt yapısını oluşturmaktaydı ve şehrin kendisinin iç kısımları da yarım bırakılmış gibi görünmekteydi. Bu durumda Kerkenes'deki şehrin kuruluşundan 50 yıl kadar sonra yok edildiğini kabul etmek mantıklı görünmüştü. Eğer Kerkenes Pteria ise - ki, bu durum hala kuvvetle mümkün görünmektedir - M.Ö. 585 yılında meydana gelen "Güneş Tutulması Savaşı"nın ardından Medlerle Lidyalılar arasında imzalanan barış anlaşması sırasında şehir Med İmparatorluğunun etkisi altında olmalıydı. Fakat, eğer Pteria gerçekten de bu kadar kısa ömürlü olduysa bu durumda M.Ö. 612 yılında Asur'un düşüşünden bir süre sonra Medler tarafından kurulduğunu düşünmek mantıklıydı. Bu ön yorum 1996 yılı deneme kazılarında, İran tarzı olarak tanımlanabilecek dikmeli bir salonun ortaya çıkarılması ile güçlenmiştir. Daha sonra 2000 yılından itibaren yürütülen yüzey araştırması ve geniş çaplı kazı çalışmaları, şehrin Anadolu'ya özgü niteliklerine dikkat çekmiş olmakla birlikte, kazı ile elde edilen kanıtlar şehrin daha uzun ömürlü olduğuna doğrudan işaret etmediğinden bu sonuçların, yabancı yani Medlere ait bir şehrin 'Anadolulaşmasını' yansıttığı düşünülmüştür. 2003 sezonunda yapılan çalışmalar sırasında "Saray Yapı Grubu"nun Anıtsal Girişi'nin gösterişli mimarisine ait birbirini izleyen farklı dönemlerinin elli ya da daha az yıla sıkıştırılmasının mümkün olmadığı anlaşılmıştır. 2003 yılı kazılarının yorumları bir adım ilerleterek, güçlü bir Anadolu şehri üzerindeki Med etkisinin anlaşılmasını geleceğe yönelik araştırma tasarımının ana odaklarından biri haline getirmiş ve Kerkenes'de yeni başlayan ve Uzaktan Algılama yöntemlerinin bir araya getirilmesi ile elde edilen şehir planının iskeletini ete büründürecek kazı programının önemini vurgulamıştır.